Tarih kitaplarında bu camiinin Kanuni Sultan Süleyman zamanında yapıldığı yazılıdır.
Peçevi, Solak Zade, Hasan Bey Zade, Ata, Hammer, Kara Çelebi Zade Abdülaziz Efendi, Matrakçı Nasuh, Nişancı Mehmed Paşa yazdıkları kitaplarda durumu böyle ifade ederler.
Kanuni, Mevlana Türbesi’nin o zamanlar mevcut olan mescidini yeniletmişti.
Türbede bulunan hicri 973 tarihli Arapça bir kitabede; Kanuni’nin buradaki makamın ve menzillerin inşasını emrettiği yazılı.
Aynı zamanda; camiinin de inşasına başlanmış olduğu kabul edilir.
Sonra; III. Murat tekkeyi ve II. Selim de imarethaneyi yaptırmışlar.
Camiinin inşaatı da, oğlu II. Selim zamanında tamamlanmış.
Bu camii, ilk zamanlarda Süleymaniye Camii ve Yeni Cami olarak anılırmış.
Fakat, II. Selim imaretini Daru’z-Ziyafe’yi yaptırdıktan sonra, Selimiye Camii veya Sultan Selim Camii olarak anılmaya başlanmış.
Maalesef; her iki ismi de yüzyıllar boyunca kullanımda olması, karışıklıklar ve hatta yanlış anlamalar yaratmakta.
Son yüzyıl içine yaygın olarak; Selimiye Camii adı kullanılıyor.