Kanuni’nin Has Odabaşısı (Genel Sekreter) Behruz Ağa adına 1562 yılında Mimar Sinan tarafından inşa edilmiştir. Ayrıca zamanının mahalle mektebi olarak adlandırılan bir sıbyan mektebi de inşa edilmiş ve camiye yakın bir yerde de Behruz Ağa adına bir hamam da yaptırılmış, ancak günümüzde hamamdan bir kalıntıya rastlanamamıştır. Mabet çeşitli tarihlerde tamir görmüş, son olarak da 1836 yılında Sultan II. Mahmud tarafından tamir ettirilmiştir.